Anachrony apresenta um sistema único de colocação de trabalhadores de duas camadas. Para viajar à Capital ou aventurar-se nas áreas devastadas de recursos, os jogadores precisam não de apenas vários especialistas (engenheiros, cientistas, administradores e gênios), mas também de Exoesqueletos para protegê-los e melhorá-los e ambos são escassos.

É o final do século XXVI. A Terra está se recuperando de uma explosão catastrófica que exterminou a maioria da população e deixou a maior parte da superfície inabitável. Os humanos sobreviventes se organizaram em quatro ideologias radicalmente diferentes: Harmonia, Domínio, Progresso e Salvação. Vivendo em isolamento na segurança de suas capitais, os quatro caminhos mantêm uma frágil, porém duradoura, paz. Agora, um cataclismo ainda mais terrível surge no horizonte: um asteroide está em direção à Terra.